Iako je ugovor o realizaciji potpisan, neodređeni elementi u ponudi gasa i prikupljanju kapitala još će negativno uticati na konačne rezultate projekta gasovoda Nabuko. Javna je tajna ko će biti snabdevač prirodnog gasa. Pod pritiskom Rusije, Azerbejdžan, zemlja koja treba da snabdeva evropske zemlje gasom, sa jedne strane saopštava da ima dovoljno gasa za projekat Nabuko, a sa druge strane nije podržala izgradnju gasovoda koji će zaobići Rusiju.

Teško prikupljenje sredstava za projekat Nabuko će takođe sprečiti konačno sprovođenje projekta. Do sada je projekat samo dobio obećanje od Evropske banke za obnovu i razvoj o kreditu od 1.5 milijardi dolara, a projektu još nedostaje nekoliko milijardi dolara. Pored toga, nestabilna situacija u području Kavkaza je važan element koji će negativno uticati na sprovođenje projekta.